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目前医药冷库缺乏一个统一的行业规范和能够实时监控体系等
一、建设成本高：医药冷库设备包括，低温冷库、冰徘速冻器、普通冷库、冷藏车、运输车、冰箱、冷藏箱、冷藏背包。一辆标准冷藏车的成本为50万元，冷库物流的温度控制系统、配套运作管理系统约在30-50万元之间。尽管如此，据中物联冷库委统计，截至2018年底，中国冷藏车保有量约为18万台，较上年增长4万台，同比增长28.6%，连续5年增速维持在20%以上。
二、冷库物流信息化程度低：信息化是医药流通企业降低管理成本、更快地响应客户的关键因素。不过目前大多数的医药物流运作都没有专门的医药物流信息系统，医药冷库物流企业在进货和出货时，仍采用人工对温度进行测量和记录，无法实现全过程温度测定，甚至断链的现象时有发生。
三、医药物流标准化不完善：中国的医药生产企业和商品批发企业还没有形成统一的药品标准编码和追溯标准，目前GSP（产品供应规范）和GMP（生产质量管理规范）的冷库标准也不统一，并且各企业并没有完全按照我国的法规来执行，监管力度仍然不够。
